Villafáfila ha sido testigo del asentamiento en sus tierras de distintas civilizaciones desde la prehistoria como lo atestiguan restos encontrados datados en la época del Neolítico como los encontrados en «La Pinilla» y los alrededores de la Fuente de San Pedro. Distintos hallazgos como hachas, cuchillos y puntas de flecha confirman el paso de diferentes épocas prehistóricas. Si cabe destacar que en esta época ya empiezan a explotarse las lagunas y se empieza a extraer la sal con los que confeccionaban pan que comercializaban

Los romanos han sido una de las civilizaciones que más tiempo han permanecido en estas tierras y quiénes revalorizaron la calidad de la sal a la que denominaban «favilla salis» la «sal más fina» lo que la convirtió en una de las lagunas con mayor producción de sal del interior también han pasado por este lugar junto con los visigodos (que ha dejado como testigo de su paso el hallazgo del denominado «Tesorillo de Villafáfila» y que fue descubierto en 1921. Los árabes por su parte ha sido la civilización que menos tiempo ha permanecido en estas tierras

Con la llegada de la Edad Media Villafáfila es repoblada por el rey Alfonso III en el siglo VII. Es en esta época cuando se produce una intensa explotación de las aguas salinas de las lagunas. Los grandes monasterios pasan a ser los mayores «explotadores» de estas salinas. Entre ellos cabe mencionar el Monasterio de Sahagún junto con el de Eslonza, San Martín de Castañeda, Grafedes, Vega, Sobrado a los que hay que añadir los obispados de de León y Astorga, que se convierten en los verdaderos dueños de estas aguas

A lo largo de los siglos Villafáfila va adquiriendo poder económico, político y religioso (con la presencia de la Orden de Santiago)

Como hecho destacado cabe destacar que Villafáfila fue la sede de la «Concordia de Villafáfila» que se trata de un acuerdo histórico entre el rey Fernando el Católico y su yerno Felipe «El Hermoso» el 27 de junio de 1506 tras varias disputas entre ellos

Villafáfila pasa a formar parte de Zamora en 1833 y se integra dentro de la Comunidad de Castilla y Léon en 1983

Actualmente, Villafáfila se encuentra dentro de la Reserva Natural de las Lagunas y es un atractivo lugar para los amantes de las aves y de los amantes de la naturaleza también de los cazadores ya que se encuentra dentro de la Reserva Nacional de Caza. lo que no debemos olvidar es que todo este paraje natural se encuentra protegido. Villafáfila acoge a la mayor y más importante de población de avutardas a nivel mundial